描述
NoviPure™ Soil Protein Extraction Kit专门设计用于所有类型土壤微生物胞外、胞内蛋白提取,不受腐殖质等干扰杂质影响。正在申请专利的双缓冲液提取法加上玻璃珠、陶瓷研磨珠能高效裂解细胞,并溶解所有胞外、胞内蛋白质。相对于SDS水煮、热蒸汽与NaOH结合等传统提取方法,最终蛋白沉淀非常干净不含杂质。加入缓冲液重悬蛋白沉淀后可用于进一步分析或保存。使用NoviPure™ Soil Protein Extraction Kit提取的蛋白质已经成功地在一维电泳和质谱分析法(2D LC-MS/MS)中使用。为保护珍贵样品,所有试剂及塑料制品都不含任何蛋白酶或蛋白。试剂盒说明书专门优化提取变性蛋白,要提取天然蛋白只需对操作流程进行少许修改即可。
研究与深入
图1:使用NoviPure™ Soil Protein Extraction Kit提取堆肥样品获得更干净的蛋白质
(A) NoviPure™ Soil Protein Extraction Kit试剂盒法(条带1、2)与蔗糖、苯酚提取法①(条带4、5)分别提取两个加入白念球菌(C. albicans)的5g预先灭菌堆肥样品总蛋白。NoviPure™ Soil Protein Extraction Kit(条带3)与蔗糖、苯酚法(6)再提取白念球菌(C. albicans)纯培养作为对照。
(B) NoviPure™ Soil Protein Extraction Kit试剂盒法(条带1、2)与SDS煮沸提取法(条带3、4)分别提取两个加入大肠杆菌(E. coli)的5g预先灭菌堆肥样品总蛋白。
每样取20μl总蛋白跑一维SDS-PAGE电泳,Stain Free凝胶成像系统③可视化处理。NoviPure™ Soil Protein Extraction Kit所获得的蛋白背景清晰无拖尾,可见蛋白条带。可见腐殖质等干扰杂质非常少。
图2:使用NoviPure™ Soil Protein Extraction Kit提取复杂类型土壤样品获得高蛋白质得率
使用NoviPure™ Soil Protein Extraction Kit提取加入了大肠杆菌(E. coli)的5g预先灭菌土壤及沉积物的总蛋白。每样取20μl总蛋白跑一维SDS-PAGE电泳,Stain Free凝胶成像系统③可视化处理。所有样品都能获得清晰蛋白条带,并与大肠杆菌纯培养阳性对照相符。(条带1、2)- 淡水湖沉积物;(3、4)- 泻湖沉积物;(5、6)- 沙滩沙子;(7、8)- 大田土壤;(9、10)- 大肠杆菌纯培养。
图3:使用NoviPure™ Soil Protein Extraction Kit提取的蛋白质在二维凝胶电泳中获得成功结果
使用NoviPure™ Soil Protein Extraction Kit提取加入了大肠杆菌(E. coli)的5g预先灭菌土壤及沉积物的总蛋白。每样取20μl总蛋白,pH3-10 二维SDS-PAGE电泳后银染分析。可见蛋白质清晰可见无腐殖质等干扰物。
图4:使用NoviPure™ Soil Protein Extraction Kit提取的蛋白质在2D LC - MS/MS中获得精确的结果
蛋白质质谱峰图。为强阳离子交换分离后的一部分。由NoviPure™ Soil Protein Extraction Kit 提取5g加入E. coli灭菌堆肥的总蛋白,胰蛋白酶酶解成肽段,再对这些肽段用2D-MS/MS进行鉴定与分析。原色谱比对SWISSPRO数据库(最新版本2013年5月)。结果鉴定出1076种不同蛋白。
①Taylor & Williams, 2013 Microb. Ecol. 59:390-99
②Chourey et al. 2010 J. Proteome Res. 9:6615-22
③BIORAD mini PROTEAN® TGX Stain-Free™ Gels