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科研小技巧:DNA如此干净,令人难以置信

作者:Michelle Tetreault Carlson 来源:美国MoBio实验室【字号:



借新PowerClean Pro试剂盒发布之机,我们来讨论一下Clean-Up试剂盒的工作原理,方便大家选择使用。

Clean-Up试剂盒处理带杂质核酸,移除影响下游实验的污染物。所有酶促反应如限制酶切、连接、PCR扩增、测序等都需要纯净的DNA和RNA,以获得最好的结果。

根据你需要去除的物质来选择合适的Clean-Up试剂盒。还不能确定?就是根据杂质的来源,这些干扰物质通常来自上一次的酶促反应或者提取DNA/RNA的原有机体/环境。我们的Clean-Up试剂盒根据污染物来源可以分成两大类。

我们最快速简便的试剂盒是设计用于去除PCR扩增或酶切等酶促反应产生的蛋白、引物、dNTPs和盐的试剂盒。我们有三款Clean-Up试剂盒可去除这类蛋白、盐类:UltraClean PCRUltraClean GelSpinUltraClean 15。若手上的是DNA溶液,可选择上述任何一款试剂盒。不过,它们之间也有少许区别。UltraClean PCRUltraClean GelSpin是基于硅胶离心柱的试剂盒。因此它们的有20μg的DNA吸附上限,最大DNA吸附片段是50kb。主要区别在于吸附的DNA片段大小下限。UltraClean PCR可回收大于60bp的小分子DNA,而UltraClean GelSpin回收下限是100bp。

UltraClean 15试剂盒使用了硅胶悬浮液替代离心柱来吸附DNA。与UltraClean PCR试剂盒一样拥有更广的DNA片段大小吸附限度(60bp-50kb)。因为硅胶悬浮液可以根据需要增减,可随DNA量来任意调整。UltraClean 15的另一个好处是可对DNA小体积洗脱。非常适合既要回收又要浓缩DNA的场合。基于硅胶离心柱的试剂盒至少需要用50μl洗脱液洗脱。

除了回收溶液中的DNA外,UltraClean GelSpinUltraClean 15试剂盒还提供了回收琼脂糖凝胶DNA的操作说明。因为UltraClean 15用的是硅胶悬浮液,所以它能根据琼脂糖凝胶块大小作出调整。(只要你有足够大的收集管!)UltraClean GelSpin Kit一次只能放入0.2g琼脂糖块,否则容易堵塞离心柱。

但,如果肮脏的DNA/RNA样品不止被蛋白、引物和盐污染呢?那你就需要使出绝招了!我们两款最新的试剂盒,PowerClean Pro DNAPowerClean Pro RNA,以及原有的PowerClean DNA Clean-Up Kit。新的PowerClean Pro 试剂盒拥有流水线式的操作步骤,比原来的PowerClean DNA Clean-Up Kit需需要更少的操作步骤,更少机会在纯化过程中丢失样品。只有这三款针对粗提DNA/RNA的试剂盒含有我们的专利抑制因子去除技术(Inhibitor Removal Technology),完全去除来自植物、土壤、粪便或血液的复杂PCR抑制因子。常见的杂质有:

  • 腐植酸(来自土壤、堆肥)
  • 多糖(植物、瘤胃未消化内容物、盲肠内容物、粪便、药物)
  • 多酚(植物)
  • 黑色素(头发、皮肤、眼睛组织
  • 胆盐(粪便
  • 亚铁血红素、EDTA、活性炭(血液)

若你去除的杂质并未列在上面,不确定PowerClean试剂盒是否合用,请联系技术部。我们也许知道答案。

已经开始乱了?结论是,我们所有的Clean-Up试剂盒都能去除蛋白、引物和盐类。而只有使用了专利IRT技术的试剂盒能去除环境来源杂质。下面绘制了一个表格,方便查找合适的试剂盒。

Clean-up Kit 绑定吸附介质 片段范围 琼脂糖凝胶 溶液 吸附上限 抑制因子
PowerClean Pro DNA 硅胶离心柱 100 bp – 50 kb

20 ug 环境来源的
UltraClean PCR DNA 硅胶离心柱 60 bp – 50 kb

20 ug 盐类、蛋白
UltraClean GelSpin DNA 硅胶离心柱 100 bp – 50 kb

20 ug 盐类、蛋白
UltraClean 15 DNA 硅胶悬浮液 60 bp – 50 kb

scalable 盐类、蛋白
PowerClean Pro RNA 硅胶离心柱 100 bp – 50 kb

40 ug 环境来源的
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