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磁珠法血液DNA/RNA的高通量提取

作者:Michelle Tetreault Carlson 来源:美国MoBio实验室【字号:

两个吸血鬼走进酒吧并叫来酒保

"给我来杯血",一个吸血鬼说。

"给我来杯血浆",另一个吸血鬼说。

"好的"酒保回答,"一杯血和一杯软血(Blood lite)!"

(此处应该有笑声)

是的,我们在庆祝一个恐怖的季节,同时,也在此发布我们的新产品PowerMag Blood DNA/RNA Isolation kit

血液:里面有什么?

血液中含有血浆、红细胞、白细胞和血小板,它是非常独特的一种样品,因为血液中的核酸非常丰富,这座基因金矿被掩埋在各种的细胞碎片和蛋白混合物中,这些污染物会影响下游的PCR反应或测序,尤其是红细胞里的血红蛋白,它是影响DNA/RNA纯度和抑制PCR反应的主要元凶。

血液的采集和保存

应该用抗凝管采集血液,否则血液凝集并把携带DNA/RNA的细胞都包埋起来。。常见准的血液采集管会使用EDTA或柠檬酸盐抗凝。这两种物质都不会干扰下游的基因分析。肝素也能抗凝,但它容易吸附DNA,所以不推荐。

如果不能马上处理,用于DNA提取的全血可以在4度最长保存2个星期,用于RNA提取的最长不超过2个小时。如果需要保存更长时间,则要做一些特殊处理了。如果只需要DNA,你可以将血液分装成小份(250-500 μL)置于-20oC 或-80oC 长时间保存。 若要提取血液中的RNA,就需要当心了。RNA酶是一种很顽强的酶,即便在冷冻状态下仍能发挥作用,如果不能马上处理样本,我们建议将血样置于到RNA稳定液中,比如PAXgene™血液RNA管。在这些管子里头,胞RNA在18°C到25°C可稳定保存3天,2°C到8°C可保存5天。

另一方面,如果RNA中途要暂停,可把分离、裂解、冻存步骤沉淀的白细胞置于RNA酶抑制缓冲液中。例如,沉淀的白细胞可以置于PowerMag® Blood DNA/RNA Isolation kit所带的PowerMag® 白细胞裂解液中,-20oC 或 -80oC保存,当你做好提取准备时,将样品取出放在室温,照接下来的步骤操作即可。

从血液中获得DNA或RNA

PowerMag Blood DNA/RNA Isolation kit 中,利用了哺乳动物血液中,基因组DNA(gDNA)只存在于白细胞中,红细胞和血小板中没有核酸所以不含gDNA(禽类红细胞例外)的特性,红细胞或白细胞靠缓冲液来裂解。一般来讲,1ml人血中白细胞的平均数大概7,000,000个。

操作的第一步是用低渗缓冲液选择性的裂解红细胞。然后沉淀白细胞,去除上清中含有亚铁血红素的红细胞。。往白细胞沉淀中加入裂解缓冲液以释放核酸,像上面说到的,如果要提取RNA而又不能立马处理,此处是可以将其放在(-20℃ 或-80 ℃)长期保存的时机,接下来使用ClearMag® 磁珠特异性捕获核酸,去除杂质,再洗涤核酸,最后洗脱的核酸可直接用于下游反应。

RNA和DNA的平均得率?

没有两个血液样本是一样的。白细胞数量的不同会影响到提取的核酸的量,而白细胞数量会受采样时宿主的健康状况影响。不同种属动物血液的核酸提取得率也不一样。然而,每200ml MO BIO员工全血的DNA和RNA平均提取得率分别是3mg和1mg。

高分子量的核酸

如果你要用高通量的方法从血液中提取高分子量的核酸,这款试剂盒再合适不过了!我们已经用这款试剂盒提取到了高达100kb的DNA片段,如果你在寻找那些含量不高但片段很长的靶DNA以用于测序,使用这款血液试剂盒吧!

说了这么多,实在饿了,我最好回到餐桌那去,我的水和大蒜们都在等我呢,万圣节后见!

参考文献:

1. Yokota M, Tatsumi N, Nathalang O, Yamada T, Tsuda I. (1999). "Effects of Heparin on Polymerase Chain Reaction for Blood White Cells". J. Clin. Lab. Anal. 13: 133–140.

2. DNA isolation by a rapid method from human blood samples: effects of MgCl2, EDTA, storage time, and temperature on DNA yield and quality. Lahiri DK1, Schnabel B. Biochem Genet. 1993 Aug;31(7-8):321-8.

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