轻敲木头--提取真菌DNA

本周技术贴很有趣，正如我们所知道的，没有两份相同的环境样品。被研究的微生物可能处于任何环境，其生存基质就成了大麻烦。所以很难选到一种好的DNA提取方法。还好，在MOBIO我们见识过、听说过几乎所有类型的环境样品，而且知道如何处理。

举以下一个例子……

你好MO BIO技术部，

我正在考虑用你们的PowerSoil Kits做我的实验。事实上我并不是要提取土壤DNA，而是提取外界环境中已经有真菌繁殖的木头和纸片的真菌DNA。

听说需要结合PowerLyzer研磨机使用PowerSoil Kit真菌细胞才能充分破壁，并完全去除木头和纸片的腐植酸。

不过，我担心的是可能在这类样品中含量很高的多糖多酚。"Inhibitor Removal Technology"能去除掉这些抑制因子吗？是否能告诉我这款盒子足可以对付基质富含多糖多酚的样品？如果可以，操作步骤上需要做修改吗？

谢谢！

使用小直径研磨珠的PowerSoil和PowerLyzer Soil DNA Isolation Kits可裂解微生物和真菌细胞的同时最大程度减少植物细胞DNA污染，常用来做植物根部和根际微生物研究。真菌细胞需要更强力的裂解，我们建议使用采用0.1mm玻璃研磨珠，在强力珠磨研磨设备辅助下有更高裂解效率的PowerLyzer PowerSoil Kit。再上一篇博文有讨论过具体细节。

来信问题里头，样品是一种富含多酚的木头和主要成分为纤维素纸浆的纸。除了采样时可能会混进来的土壤和碎片，这类基质含有更多的抑制因子。PowerLyzer PowerSoil Kit非常值得一试。

当然，也有另一种更加高效提取这类样品的试剂盒，PowerPlant Pro DNA Isolation Kit。新推出的PowerPlant Pro是PowerPlant Kit 的快速提取版。PowerPlant Pro也含有PowerPlant Kit一样的IRT技术，只是新增加了一个抑制因子去除试剂盒，叫多酚分离溶液（PSS）。使用发现，对富含多酚的植物样品，DNA得率得到了极大的提高（相对于不使用），尤其是本例中富含木质素的木头和纸片。加入PSS溶液可使IRT步骤过程中，核酸与粘稠的多酚类分离开，始终保持溶解状态。多酚去除干净了，留下DNA，纯净DNA的得率得到提高。

对于木头和纸片样品，加入PSS溶液可使真菌DNA得率增加，所以建议尝试PowerPlant Pro Kit。

需要注意的是，PowerPlant Pro Kit为了提高对坚硬样品如木头之类的研磨效果，使用了不同的研磨珠套管：2.38mm不锈钢研磨珠。高效地破碎木头释放出潜藏的微生物同时也增加了植物DNA的抽提。若所需的微生物并不在木头组织里头，而是在外层或靠近外层，改用0.1mm或0.5mm玻璃研磨珠，可最大程度减少植物DNA的污染。是否要更换研磨珠套管视样品而已，最好多尝试几种方案，找出最好的方法。

记住，我们会试遍所有东西，包括研磨珠套管。所有非常鼓励你也去尝试各种方法，研究出自己的操作流程。

你的样品独一无二，有时需要尝试各种类型研磨珠或试剂盒才能获得最佳的结果。若需要帮助，请随时联系我们。