获取粪便、植物组织、水样、生物薄膜miRNA

我们知道许多客户喜欢筛选某些特定的RNA。因为，大多数关于RNA方便的技术咨询涉及到希望保留或者去除特定种类的RNA。虽然并不是每次都能获得你想要的RNA，但只要在提取过程中稍作调整，可能就能获得你说需要的，在之前的一篇文章中，我们已经讨论了如何在使用我们的组织提取试剂盒时保留小片段RNA。

许多客户已经开始把研究方向转向提取复杂样品（又叫dirtier）的RNA，我们觉得，是时候介绍一下我们最新的RNA试剂盒了：PowerMicrobiome RNA、PowerPlant RNA、PowerWater RNA和PowerBiofilm RNA。这四款试剂盒都同样使用了两种溶液的混合物来把细胞裂解物中的RNA绑定吸附到硅胶离心柱上。就是这两种溶液的比例决定了被绑定吸附的RNA的分子量，已经最后被提取出来的RNA的大小。小于临界点大小的所有RNA会被冲洗掉。分子量大于临界点的RNA会留在离心柱上，最后被洗脱下来。你可以调整绑定液来改变临界点，但你肯定会丢失掉小于临界点的所有小分子RNA。

那如何应用在实际操作中呢？首先，我们先来了解一些细胞中RNA的类型与大小。核糖体RNA（rRNA）是你能提取的最丰富的RNA类型。因为，它在每个细胞的总RNA中占80%。在原核细胞中，你可以找到三种不同的rRNA：23S (2906 nt)、16S (1542 nt) 和 5S (120 nt)。真核细胞中分别是：28S (5070 nt)、18S (1869 nt)、5.8S (156nt) 和5S (121 nt)。若用跑1%琼脂糖凝胶电泳，你能看到两条平行的rRNA亮带。细胞中第二丰富的RNA（~15%）是转运RNA（tRNA）。tRNA在核糖体中用于把密码子翻译成氨基酸顺序。通常很小，只有70-90个核苷酸。

第三样常见的RNA，也可能是我们客户常关注的信使RNA（mRNA）。mRNA是用于把遗传密码从基因组传递到核糖体用于蛋白合成。一次它的平均分子量因要编码的蛋白不同，大小差异较大。平均大小是2000个核苷酸，你也能找到小至500，大至14000的。不幸的是，如此宽的范围使得我们无法通过大小来进行筛选。电泳上，只能跟rRNA混在一起成弥散状。细胞中余下的RNA，包括microRNA（miRNA，~22核苷酸），在真核细胞中用于基因调控，或者小分子干扰RNA（siRNA，20-25bp），可阻止某些基因的表达。

好吧，这里是独家消息。如果按照说明书标准操作，你提取到的都是大于60个核苷酸的RNA。这意味着你得到了rRNA、mRNA或tRNA，但丢掉了miRNA和siRNA。为了获得这部分更小的RNA，你需要使用可选的吸附绑定混合溶液来减少RNA分子的剪切。标准的绑定液是由一份体积的绑定溶液（不同试剂盒，有可能是PM3、PR3、PWR3或BFR4），1体积100%乙醇，1体积裂解物，组成1：1：1混合物。为了减少RNA分子的剪切，你需要增加一份100%乙醇，混合物比例变成1：2：1。这样，你就可以回收到样品中的绝大部分RNA了。相反，若要增加RNA分子的剪切，则把混合物中的那份100%乙醇换成70%乙醇。这样你就可以只回收mRNA和两倍大的rRNAs了。如果你在研究mRNA，这样就能一定程度上减少背景RNA干扰。

你可能已经有点迷糊了，所以我们做了个简易图表来帮助理解。你可以根据不同试剂盒选择相应的吸附绑定方法。这些试剂盒都已经包含了我们最厉害的因子去除技术（IRT）。请注意，这些技术不能应用于我们的RNA PowerSoil Kit或者UltraClean Microbial RNA Kit。若还有其它疑问，请联系我们。

参考文献：

Molecular Cell Biology. 4th edition. Lodish H, Berk A, Zipursky SL, et al. New York: W. H. Freeman; 2000.

	RNA Isolated
	mRNA,16S/23S rRNA	tRNA,mRNA, 5S/16S/23S rRNA	miRNA,siRNA, tRNA,mRNA, 5S/16S/23S rRNA
PowerMicrobiome Binding Mixture	1 vol PM3 1 vol 70% EtOH 1 vol lysate	1 vol PM3 1 vol PM4 1 vol lysate	1 vol PM3 2 vol 100% EtOH 1 vol lysate
PowerPlant Binding Mixture	1 vol PR3 1 vol 70% EtOH 1 vol lysate	1 vol PR3 1 vol PR4 1 vol lysate	1 vol PR3 2 vol 100% EtOH 1 vol lysate
PowerWater Binding Mixture	1 vol PWR3 1 vol 70% EtOH 1 vol lysate	1 vol PWR3 1 vol PWR4 1 vol lysate	1 vol PWR3 2 vol 100% EtOH 1 vol lysate
PowerBiofilm Binding Mixture	1 vol BFR4 1 vol 70% EtOH 1 vol lysate	1 vol BFR4 1 vol BFR5 1 vol lysate	1 vol BFR4 2 vol 100% EtOH 1 vol lysate